Die ersten Bewohner nannten sich Thepu, über diese gibt es keinerlei Aufzeichnungen.

Im 8. Jahrhundert n. Chr. kam der Buddhismus in das Feudalfürstentum. Indische Missionare haben dies ausgelöst. Gefolgt dem, stand das ganze Land unter tibetischer Herrschaft.

Die damals, ursprünglichen indischen und hinduistischen Einflüsse, wurden durch den Buddhismus gewaltsam ersetzt. Im 12. Jahrhundert wurde dieser offiziell zur Staatsreligion. Die heute noch sehr bekannten Klöster, wurden damals gebaut und dienten als stütze für die feudalen Menschen. Ein neues Volk ist nach einer Weile entstanden. Aus Thepu und Tibetern wurden die Bhotija.

Den Grundstein zur heute sehr bekannten Bhutantischen Gesellschaft legte seinerzeit, ein gewisser Shabdung Nawang Namgyal. Dieser hatte im Jahre 1616 die Herrschaft über das Land und machte daraus, ein theokratisches Reich. Dieser wiederum gründete Bhutantische Stiftungen und fasste alle Regionen schriftlich zusammen. Bis heute ist der gültige Name des Staats „Druk Yul“, was soviel bedeutet wie „Land der Drachen“.

Das Land selbst, geriet kurz nach seinem Tot im Jahre 1651 in Anarchie. Tibetisch-mongolische Truppen griffen zwischen 1710 und 1730 an. Sie wehrten sich jedoch erfolgreich. Nach dem Tot von Shabdung Nawang Namgyal wurde der Staat von Dharma Raja und Deb Raja regiert. Steuern von Bauern wurden eingetrieben und Urteile wurden verkündet. Zu den Kämpfen zwischen den feudalen Machtgruppen haben sich auch Pansachen Lama und Dalai Lama ziemlich oft eingemischt.

Der hundertjährige Konflikt mit der britischen Ostindien Kompanie, hat im Jahre 1772 begonnen. Nach dem die britische Macht „Assams“ 1826 erobert haben, hatten diese eine Kontrolle über diverse Grenzpässe. Zwischen 1864 und 1865 okkupierten sie auch andere Gebiete von Bhutan. Ugyen Wanghuck übernahm mit Hilfe der Briten 1895 die Herrschaft und wurde 1907 zum König ernannt. Diese war auch der Gründer von der erblichen Maharjawürde. Großbritannien hat 1910 die Unabhängig von Bhutan unterschrieben. Die Kontrolle über die Außenpolitik wollten sie aber behalten.

Indien und Buthan haben beide am 8. August 1949 einen Freundschaftsvertrag unterschrieben. Indien hilft nun bei der Wirtschaftshilfe und bei den außenpolitischen Beziehungen. Aufgrund dessen, dass der König Jigme Dorje Wanghuck Indien ablehnte, begann eine Verschwörung die mit einem Attentat auf den König im Jahre 1965 und mit der Ermordung des Ministerpräsidenten 1964 endete.

Jigme Dorje Wanghuck übernahm im November 1964 die komplette Kontrolle über den Staat. Gewisse Gesetzgebungsrechte wurden 1968 im Parlament eingeführt. Zu dieser Zeit wurde auch die konstitutionelle Monarchie in Buthan eingeführt. Da bis ins Jahre 2007 politische Partein verboten waren, haben der Ministerrat und der königliche Rat die Exekutive gebildet. Bestimmte Lama Privilegien wurden ziemlich stark eingeschränkt. Des Weiteren, wurde der Abbau der feudalen Verhältnisse verstärkt wahrgenommen. Die Aufnahme in die UNO erfolgte am 12. Februar 1971.

1974 wurde der Kronprinz Jigme Singye Wangchuck zum neuen König ernannt. Tibetische Flüchtlinge, die eine Buthan Staatsbürgerschaft ablehnten, wurden im Jahre 1981 ausgewiesen.

1990 kam es zu großen Unruhen. Ein Staatsbürgerschaftsgesetz, das 1985 eingeführt wurde, löste heftige Reaktionen aus. Mehr als 100.000 nepalesische Bhutaner wurden zugleich vertrieben. 1998 beschränkte der König seine eigene Macht und stellte dem Parlament jegliche Autorität.

2008 wurde Bhutan zu einer konstitutionellen Monarchie. Das Land darf nun auch politische Partein wählen. 2006 übergab König Jigme Singye Wangchuck sein Amt an dessen Sohn Jigme Khesar Namygyel Wanghuck. Die offizielle Krönung fand am 6. November 2008 statt. Buthan war aber da, außenpolitisch wirtschaftlich gerüstet.